Freeswanin konfiguraatio muodostuu kahdesta eri tiedostosta jotka ovat:
/etc/ipsec.conf ja /etc/ipsec.secrets
Ensimmäinen sisältää yleiset ja yhteyskohtaiset asetukset. Jälkimmäinen sisältää
autentikointiin ja salaukseen liittyvät avaimet.
Konfiguraatioissa käytetään VPN:n toisesta päästä nimitystä "left ja toisesta
"right".